南平市疾病预防控制中心是集疾病预防与控制、卫生监测与评价、健康教育与促进、业务教育培训与指导、技术咨询与服务为一体的新型疾病预防控制机构。
本中心办公和实验室场所面积达8100平方米，其中实验室面积为2500平方米，建有II级生物安全实验室、百级洁净实验室、艾滋病确认实验室、临床检验实验室、分子生物学实验室以及先进的理化实验室，拥有完善的办公网络系统、通讯系统、监控系统和消防系统以及先进的PE NeXIon350X电感耦合等离子体质谱仪、安捷伦 7890B-7000C三重四极杆气质质联用仪、实时荧光定量PCR仪器、气相色谱仪、原子吸收仪、原子荧光光度计、脉冲场电泳凝胶成像系统、多重食源性致病菌核酸检测系统、全自动细菌鉴定仪、高通量核酸提取工作站、HIV-1/HCV病毒载量检测系统、流式细胞仪、全自动生化分析仪、全自动血液分析仪、离子色谱仪、高效液相色谱仪、荧光显微镜、原子吸收分光光度计、低温冷冻高速离心机、甲醛监测仪、多功能射线仪、500毫安X线诊断机、东芝B超、全自动微生物鉴定/药敏分析系统、智能厌氧系统等一批先进仪器设备，安装6套办公软件系统，实现无纸化办公和计算机管理，提升办事效率和服务能力。
中心于2005年3月以来分别获得认可证书及检验检测机构资质认证证书，同时取得职业病危害评价乙级机构，及职业病危害因素检测与评价、放射卫生防护检测与评价、职业病诊断和职业健康检查等5项机构资质，也是南平市唯一一家艾滋病确证实验室。目前拥有检验检测机构资质认证能力包括：水质、化妆品、公共场所、室内空气、放射卫生防护检测、工作场所化学因素及相关产品等非食品类共计29大类，452个参数；食品、包装水、饮用天然矿泉水及相关产品等食品类共计33大类，279个参数。
中心技术力量雄厚，有专业技术人员116人，其中高级职称35人，中级职称41人，专业涉及食品卫生、环境卫生、学校卫生、临床医疗、传染病、职业病、慢性病、地方病、健康教育等多个专业。通过对疾病的预防与控制，维护社会稳定，促进人民健康。